Nas primeiras décadas após o Concílio de Niceia (325 d.C.), não havia um consenso claro sobre a natureza do Espírito Santo, especialmente no Oriente. Diversas interpretações surgiram, algumas das quais foram condenadas como heréticas pela Igreja.
A doutrina de Ário, um presbítero de Alexandria, afirmava que o Filho era uma criatura de Deus, negando sua coeternidade com o Pai. Seguindo essa linha, Ário considerava também o Espírito Santo como uma criatura subordinada ao Filho. Um dos seguidores mais radicais dessa vertente, Eunômio, sustentava que o Espírito Santo era a mais nobre das criaturas criadas pelo Filho, por ordem do Pai. Essa visão rebaixava o Espírito Santo a um ser inferior, negando sua divindade plena.
Os tropicianos foram uma seita egípcia que interpretava figurativamente as Escrituras, afirmando que o Espírito Santo era um anjo ou uma criatura celestial. Seu nome vem do termo grego tropos, que significa "figura". Atanásio de Alexandria os denominou dessa forma devido à maneira alegórica com que tratavam a doutrina do Espírito Santo.
Os pneumatomacianos, cujo nome deriva das palavras gregas pneuma (espírito) e machomai (lutar contra), eram conhecidos como "opositores do Espírito". Esse movimento foi influenciado por Eustáquio de Sebaste e negava a divindade do Espírito Santo, tratando-o como um ser inferior ao Pai e ao Filho. O Concílio de Constantinopla (381 d.C.) condenou essa heresia, afirmando a plena divindade do Espírito Santo na Trindade.
Os gnósticos acreditavam que o mundo material era mal e que a salvação vinha através do conhecimento esotérico (gnosis). Algumas vertentes negavam a divindade do Espírito Santo, interpretando-o como uma emanação de um ser supremo.
O modalismo, também chamado de sabelianismo, ensinava que Deus se manifestava de formas diferentes como Pai, Filho e Espírito Santo, mas que não eram pessoas distintas. Essa heresia negava a Trindade, reduzindo-a a meras "formas" assumidas por Deus.
Os seguidores de Macedônio, bispo de Constantinopla, acreditavam que o Espírito Santo não era divino, mas sim uma criatura servil ao Pai e ao Filho. Essa crença foi fortemente combatida pelos Pais da Igreja, especialmente Basílio de Cesareia.
As heresias antigas continuam a influenciar alguns grupos religiosos modernos. Um exemplo claro é o grupo das Testemunhas de Jeová, que segue uma linha de pensamento semelhante ao arianismo.
Seus líderes negam a divindade e a personalidade do Espírito Santo, tratando-o como uma "força ativa" impessoal. Na Tradução do Novo Mundo (TNM), sua versão da Bíblia, vertem "Espírito de Deus" como "força ativa de Deus" (Gênesis 1.2). A expressão hebraica rûach ’ĕlôhîm, usada 11 vezes no Antigo Testamento, é traduzida na TNM dessa forma apenas em Gênesis 1.2, para sustentar sua doutrina.
Outro grupo com influências heréticas é o unicismo, representado por igrejas como a Igreja Pentecostal Unida, que nega a Trindade e adota um modalismo moderno, afirmando que Deus se manifestou de formas diferentes ao longo da história.
Em várias religiões orientais, a concepção do Espírito Santo é nebulosa, e muitas vezes reflete as antigas heresias cristãs.
Os teólogos muçulmanos acreditam que Jesus previu a chegada de Maomé ao falar sobre o Consolador. Baseiam-se em uma passagem do Alcorão que diz:
"Sou para vós o Mensageiro de Allah, para confirmar a Tora, que havia antes de mim, e anunciar um Mensageiro, que virá depois de mim, cujo nome é Ahmad" (Alcorão 61.6).
Eles confundem os termos gregos periklytós ("renomado") e paraklētos ("Consolador"), interpretando equivocadamente que Maomé seria o Espírito Santo prometido por Jesus. No entanto, essa interpretação é inconsistente com o ensino bíblico, pois Jesus disse que o Consolador habitaria nos crentes e permaneceria com eles para sempre (João 14.16-17).
No espiritismo, o conceito do Espírito Santo é diluído em um panteísmo espiritualista. Muitas vezes, ele é visto como uma energia ou uma presença impessoal, rejeitando sua identidade trinitária.
Algumas vertentes do hinduísmo comparam o Espírito Santo à shakti, uma energia divina. No budismo, a ideia de um espírito divino é geralmente rejeitada, pois a doutrina budista clássica não reconhece um Deus pessoal.
A Bíblia ensina claramente que o Espírito Santo é Deus, a terceira pessoa da Trindade.
Dessa forma, tanto as heresias antigas quanto as modernas são refutadas pela própria Escritura. O ensino correto sobre o Espírito Santo é essencial para a fé cristã.